根据《增值税暂行条例》规定，设分支机构的企业该如何纳税申报，要分情况而定：

　　（1）总、分机构在同一县（市）的，如果统一核算，总机构应统一纳税申报；如果单独进行核算，总、分机构应分别进行纳税申报。

　　（2）总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报缴纳增值税。经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报缴纳增值税。

　　（3）如属消费税纳税范围，根据《消费税暂行条例实施细则》规定，纳税人的总机构与分支机构不在同一县（市）的，应在生产应税消费品的分支机构所在地缴纳消费税，但经国家税务总局及所属税务局批准，纳税人分支机构应纳消费税税款也可由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关缴纳。

 

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